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デジタル化メソッド

作製した病理標本をバーチャルスライド機器により高精度のホールスライドイメージ(Whole Slide Image; WSI)に変換し、サーバに搭載することにより「医学研・脳神経病理DB」を構築している。デジタル化メソッドではWSIの作製法と、学習用コンテンツの加工法について紹介する。

※当施設のバーチャルスライド機器はAperio社のScanScopeを使用している。

前処理


※ 封入材を削る

バーチャルスライド機器でスライドをスキャンする際に、表面が汚れているとうまく読み込むことが出来ない。そのため、前もってスライドを磨いて綺麗にしておく。カバーガラスの表面に付着した余分な封入材は剃刀を使って削り落とし、純アルコールをしみ込ませたキムワイプで拭く。

セット


※ スライドをセット

専用のホルダーにスライドをセットする。ホルダーには76×26(mm)のスライドが5枚セット出来るようになっている。倍サイズの76×52(mm)のスライドがセット出来る特注ホルダーもある。

バーチャルスライド機器の中には一度に100枚以上のスライドをセット出来るものもあるが、我々は診断用ではなく教材作製に使用しているため少ない枚数でスキャンするものを使用している。

スキャン


※ スキャン範囲の設定

※ 左からスキャン

スキャンする範囲などを細かく設定すると、自動でZ軸補正をしながらライン状にスキャンをしていく。通常は40倍でスキャンを行っている。高精細ゆえにスキャンにかかる時間は切手サイズの組織で、約30分程度、容量は1〜10GB程度となる。切片の厚みや凹凸、カバーガラスの些細な汚れなどで不良なデジタルデータとなってしまうため、注意が必要である。

ウェブ用に加工


※ スキャンしたSVSデータ

※ JPEGに変換中

※ JPEGとHTMLファイルが作製される

スキャンしたWSIはScanScope専用のSVS(ScanScopeVirtuelSlide)形式で保存される。この形式の画像はScanScopeでしか閲覧することが出来ないが、ScanScopeの中で他の形式に変換することが出来る。オリジナル画像をSVSからJPEGに変換した後に、サーバにアップロードし、ウェブで閲覧することが可能になる。

Zoomifyに加工


※ Zoomifyに書き出す

WSIにアノテーションを加え、さらにZoomify機能を追加することで学習効果の高いデジタル画像を作製している。 SVSのオリジナル画像をScanScopeでTIFFに変換する。変換した画像データにPhotoshopで細かいアノテーション加工を施す。PhotoshopでZoomifyに書き出しを行うと、画像のJPEGファイルとHTMLファイルが書き出され、サーバにアップロード出来るようになる。

Zoomifyはユーザのブラウザで表示する画像の幅と高さをピクセル単位で設定することができ、ノートパソコンの利用者が多い事から600×600ピクセルのサイズに設定している。

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