神経病理解析室は、主に東京都が所管する病院等や全国の大学等と連携し、標準化された神経病理診断が都民などに提供されるように、医療関係者を対象にした脳神経系の標本作成技術の提供や専門的な病理診断支援、基礎研究との橋渡し研究を行っています。5千例におよぶ脳の顕微鏡標本を有しており、これをデジタル化して、病院の医師や医学部の学生がWEB上で神経病理の研修ができるようにしています。世界中の多くの専門家に利用されています。

また、神経病理解析室は、一般社団法人日本神経病理学会 の認定施設として、神経病理学の基盤を支える様々な学際活動も行っています。

下記、４つの大きな柱について列記します。

(1) 研究資産の管理・運用に関する基盤活動
a) 脳神経病理標本ライブラリの精度管理
b) 神経系組織の標本作成技術の開発と指導 
c) 神経系の標本作成に関する情報発信 
d) 基礎研究と臨床を結ぶトランスレーショナル研究支援

(2) 神経病理診断に関する専門的支援活動
a) 病院病理解剖症例の標本作製・診断支援 
b) 法医病理解剖症例の標本作製・診断支援・鑑定書作成 
c) 脳外科手術症例の標本作製・診断支援 
d) 頭部外傷ストレスが脳に与える影響についての研究

(3) 脳神経病理デジタルアーカイブの開発・運用
a) 神経解剖・病理のオンライン教材EBA&N
b) 脳神経系の解剖・病理に関する基本的な情報発信 
c) 環境省国立水俣病総合研究センターからのデータベース作成依頼
d) 人工知能（AI）による診断支援システム開発

(4) 人材育成に関する教育・普及活動 

a) 大学教育におけるウェブマイクロスコピー教育の実践
b) 顕微鏡観察の専門的実技指導
c) 学会や研究会などでのセミナー講演活動